Dosen pengampu mata kuliah di Magister Teknik Sistem adalah sebagai berikut:
- Prof. Ir. Arief Budiman, M.S., D.Eng., IPU.
- Prof. Dr. Ir. Sasongko Pramonohadi, DEA.
- Prof. Ir. Alva Edy Tontowi, M.Sc., Ph.D., IPM, ASEAN Eng.
- Prof. Dr. Ir. Wahyu Wilopo, S.T., M.Eng., IPM.
- Prof. Ir. Bertha Maya Sopha, S.T., M.Sc., Ph.D., IPU, ASEAN Eng.
- Prof. Ir. Muslikhin Hidayat, S.T., M.T., Ph.D., IPU.
- Prof. Ir. Chandra Wahyu Purnomo, S.T., M.Eng., D.Eng., IPM.
- Prof. Dr. Sang Kompiang Wirawan, S.T., M.T.
- Prof. Himawan Tri Bayu Murti Petrus, S.T., M.Eng., D.Eng.
- Prof. Dr. Ir. Aswati Mindaryani, M.Sc., IPU.
- Prof. Ir. Indra Perdana, S.T., M.T., Ph.D.
- Prof. Dr.-Ing. Ir. Agus Maryono, IPM., ASEAN Eng.
- Prof. Dr. Mirwan Ushada, STP, M.App.Life Sc.
- Prof. Dr. Ria Millati, S.T., M.T.
- Dr. Ir. Suhanan, DEA., IPU.
- Dr. Ir. Arif Kusumawanto, M.T. IAI, IPU.
- Ahmad Agus Setiawan, S.T., M.Sc., Ph.D.
- Ir. Joko Waluyo, M.T., Ph.D., IPM, ASEAN Eng.
- Dr. Ir. Budi Kamulyan, M.Eng.
- Dr. Rachmawan Budiarto, S.T., M.T.
- Johan Syafri Mahathir Ahmad, S.T., M.Eng., Ph.D.
- Ir. Hari Agung Yuniarto, S.T., M.Sc., Ph.D., IPU, ASEAN Eng.
- Ir. Ahmad Tawfiequrrahman Yuliansyah, S.T., M.T., D.Eng. IPM.
- Ir. Agus Prasetya, M.Eng.Sc., Ph.D.
- Wangi Pandan Sari, S.T., M.Sc., Ph.D.
- Ir. Budhi Sholeh Wibowo, S.T., M.T., PDEng., IPM, ASEAN Eng.
- Ir. Moh Fahrurrozi, M.Sc., Ph.D., IPU.
- Dr. Joko Wintoko, S.T., M.Sc.
- Ir. Ayodya Pradhipta Tenggara, S.T., M.Sc., Ph.D.
- Dr. Nugroho Dewayanto, S.T., M.Eng.
- Muhammad Sulaiman, S.T., M.T., D.Eng.
- Dr. Eko Agus Suyono, S.Si., M.App.Sc.