Setelah meningkat menjadi Program Studi sejak bulan Juni tahun 2011, pada tahun 2012 Magister Teknik Sistem mengajukan proses akreditasi pertama ke BAN-PT, dan mendapatkan hasil akreditasi dengan peringkat B. Mulai tahun 2017 hingga sekarang mendapatkan hasil akreditasi dengan peringkat A.